Evaluación de la metilación del DNA en tejidos de cáncer colorrectal fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE)

Palabras clave: Metilación del DNA, 5-metilcitosina; genes ras; Neoplasias Colorectales; Adhesión en parafina.

Resumen

Las alteraciones en la metilación de dinucleótidos CpG en regiones promotoras es uno de los mecanismos epigenéticos implicados en cáncer que tiene uso potencial como biomarcador. Su evaluación a partir de tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE) representa un gran desafío dadas la degradación parcial, el entrecruzamiento y las bajas cantidades del DNA obtenido. En esta nota técnica describimos un protocolo para el estudio del estado de metilación del promotor distal del proto-oncogén K-RAS a partir de varias muestras obtenidas de dos tejidos FFPE de cáncer colorrectal con antigüedad de 11 años. Se empleó un protocolo de conversión con bisulfito alternativo al usual; se usó una DNA polimerasa modificada y una PCR anidada y se optimizó la secuenciación directa del DNA convertido con bisulfito. Este protocolo podría ser aplicado para determinar estados de metilación en otros genes y tipos de cáncer en tejidos FFPE.

Descargas

La descarga de datos todavía no está disponible.

Referencias

Teschendorff AE, Liu X, Caren H, Pollard SM, Beck S, Widschwendter M, et al. The Dynamics of DNA Methylation Covariation Patterns in Carcinogenesis. PLoS Comput Biol. 2014;10(7).

Zhang C, Zhao H, Li J, Liu H, Wang F, Wei Y, et al. The identification of specific methylation patterns across different cancers. PLoS One. 2015;10(3):1–16.

Fouad MA, Salem SE, Hussein MM, Zekri ARN, Hafez HF, El Desouky ED, et al. Impact of global DNA methylation in treatment outcome of colorectal cancer patients. Front Pharmacol. 2018;9(OCT):1–14.

Parizadeh SM, Jafarzadeh-Esfehani R, Ghandehari M, Seifi S, Parizadeh SMR, Moetamani-Ahmadi M, et al. Epigenetic Drug Therapy in the Treatment of Colorectal Cancer. Curr Pharm Des. 2018;24(23):2701–9.

Baretti M, Azad NS. The role of epigenetic therapies in colorectal cancer. Curr Probl Cancer [Internet]. 2018;42(6):530–47.

Afanador CH, Peña CMM. Epigenetics of Colorectal Cancer. Gastroenterology. 2018;(11):1–16.

Srinivasan M, Sedmak D, Jewell S. Effect of Fixatives and Tissue Processing on the Content and Integrity of Nucleic Acids. Am J Pathol. 2002;161(6):1961–71.

Patricia García M.1 2, Felipe Benavente M.1 2, A.1 AM, Iván Roa E.1 3, S.1 JCR. Efecto de la fijación en la calidad del ADN: estudio controlado con cinco fijadores. Rev Esp Patol [Internet]. 2006;39(3):175–9.

Klopfleisch R, Deetzen M von, Weiss AT, Weigner J, Weigner F, Plendl J, et al. Weigners Fixative–An Alternative to Formalin Fixation for Histology With Improved Preservation of Nucleic Acids. Vet Pathol. 2013;50(1):191–9.

Kim S, Park C, Ji Y, Kim DG, Bae H, van Vrancken M, et al. Deamination Effects in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Tissue Samples in the Era of Precision Medicine. J Mol Diagnostics. 2017;19(1):137–46.

Genereux DP, Johnson WC, Burden AF, Stöger R, Laird CD. Errors in the bisulfite conversion of DNA: Modulating inappropriate- and failed-conversion frequencies. Nucleic Acids Res. 2008;36(22):1–19.

Publicado
2021-02-03
Cómo citar
[1]
Herrera Pulido, J.A., Segura Moreno, Y.Y., Montero Ovalle, W.J., Medina Boada, V.L., Moreno Acosta, P., Romero-Rojas, A.E. y Serrano López, M.L. 2021. Evaluación de la metilación del DNA en tejidos de cáncer colorrectal fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE). Revista Colombiana de Cancerología. 25, 2 (feb. 2021). DOI:https://doi.org/10.35509/01239015.704.
Sección
Notas técnicas